بازداشت اول؛ پرونده واگذاری املاک شهرداری - ۱۳۹۵
شهریور سال ۱۳۹۵، ماجرای واگذاری برخی املاک توسط شهرداری به کارکنان و اعضای شورای اسلامی شهر تهران با انتشار نامه سازمان بازرسی کل کشور از سوی سایت‌ معماری‌ نیوز، خبرساز شد. این سایت تصویری از یک نامه سازمان بازرسی را منتشر کرد که در آن شهرداری تهران به ارتشا، اختلاس، کلاه برداری و تضییع اموال عمومی به مبلغ دو هزار و ٢٠٠ میلیارد تومان متهم شده بود.

پس از انتشار این مدارک و واکنش‌های گسترده نسبت به آن، اعلام شد که «محمدباقر قالیباف» و «مهدی چمران»، شهردار وقت و رییس  وقت شورای شهر وقت تهران از «یاشار سلطانی»،  مدیرمسوول سایت ازدسترس خارج شده «معماری نیوز» شکایت کرده‌اند. هرچند این دو بعد مدعی شدند که از این روزنامه نگار شکایتی نکرده‌اند.

با این حال سلطانی در ۲۷ شهریور۱۳۹۵، دو روز بعد از انتشار مطلب به دادسرا احضار اما به علت ناتوانی در تودیع وثیقه۲۰۰ میلیون تومانی، به اتهام افشای اسناد سازمان بازرسی کل کشور در ماجرای املاک شهرداری بازداشت شد.

بازداشت سلطانی به طور کم سابقه‌ای با واکنش افکار عمومی در ایران مواجه شد و چهره‌ها، رسانه‌ها و افراد از طیف‌های مختلف، از جمله از میان محافظه‌کاران به حمایت از او پرداختند و به بازداشتش اعتراض کردند.

بعد از این واکنش‌ها، عباس جعفری دولت آبادی، دادستان وقت کل ایران در یک مصاحبه‌ تلویزیونی گفت «تخلف قطعی» شهرداری تهران در واگذاری املاک به ۴۵ نفر ثابت شده است اما محمدباقر قالیباف می‌گوید از این تخلف‌ها اطلاعی نداشته است.

یاشار سلطانی در مورد انتشار تخلف شهرداری گفته بود: «یک هدف بیش تر نداشتیم و آن هم این که هزینه تخلف را بالا ببریم.»

با این حال دادستان تهران ادعا کرد تحقیقات دادستانی نشان داده که اقدام متهم بیان گر نوعی هماهنگی و همراهی با جریان خاص سیاسی بوده است: «زیرا انتشار نامه نزدیک به زمان برگزاری انتخابات رییس شورای اسلامی شهر تهران، یعنی دوازدهم شهریورماه بوده است.»

او گفته بود: «یاشار سلطانی در جریان تحقیقات پذیرفته است که شیوه‌های دیگری برای اطلاع‌رسانی وجود داشته که می‌توانسته بدون آن که مرتکب جرم یا هتک آبروی فردی شود، به آن‌ها تمسک جوید.»

سلطانی در تاریخ ۲۲ آبان ۱۳۹۵ با تودیع قرار وثیقه و تا پایان مراحل دادرسی آزاد شد.

صدور حکم بخش اول پرونده واگذاری املاک شهرداری - ۱۳۹۷
بیش از دو سال بعد در تاریخ۳بهمن۱۳۹۷، آقای سلطانی در شعبه ۱۵ دادگاه انقلاب تهران به ریاست قاضی «ابوالقاسم صلواتی»  به پنج سال حبس تعزیری و دو سال ممنوعیت از عضویت در احزاب، گروه‌ها، دسته‌جات سیاسی، فعالیت در فضای مجازی، رسانه‌ها، مطبوعات و خروج از کشور محکوم شد.

«صادق کاشانی»، وکیل آقای سلطانی در خصوص اتهامات و محکومیت او در تاریخ ۳بهمن۱۳۹۷ گفته بود: «پرونده موکلم چهار عنوان اتهامی داشت که دادگاه در ارتباط با عنوان اتهام "نشر مطالب خلاف واقع به قصد تشویش اذهان عمومی" به تحمل دو سال حبس، بابت عنوان اتهامی "افترا نسبت به شرکت عمران تک لار" یک سال حبس و هم چنین به عنوان اتهامی "تهدید نسبت به شرکت تک لار" به دو سال حبس محکوم شد.»

وکیل یاشار سلطانی اتهام دیگر موکل خود را جمع آوری و انتشار اطلاعات طبقه بندی شده مربوط به سازمان بازرسی کل کشور عنوان کرده است: ر«پرونده در این مورد هنوز مفتوح است و حکمی صادر نشده است.»

همچنین گزارش شده بود دادگاه در رای خود به مواد ۶۶۹، ۶۹۷، ۶۹۸ ، ۱۳۴ و بندهای پ، ح و ذ ماده ۲۳ «قانون مجازات اسلامی» استناد کرده است.

براساس رای صادره از شعبه ۱۵ دادگاه انقلاب اسلامی، ایام بازداشت پیشین آقای سلطانی به استناد ماده ۲۷ قانون مجازات اسلامی باید کسر و محاسبه می شد.

احضار مجدد به دادسرا در ۱۳۹۸
در تاریخ ۳۰ دی ماه ۱۳۹۸، سلطانی مجددا به دادسرای فرهنگ و رسانه احضار شد. او در حساب کاربری توییتر خود دلیل احضارش را شکایت «محمدباقر قالیباف»، شهردار سابق تهران عنوان کرده بود. این روزنامه‌نگار در توییت خود نوشته هدف قالیباف از شکایت کردن از او «ساکت» کردنش در انتخابات مجلس در اسفند۱۳۹۸ است.

یاشار سلطانی همچنین نوشته بود که پرونده تخلفات محمدباقر قالیباف در اختیار شورای نگهبان است و اگر کسی جرات پرسش از او را ندارد، او به عنوان روزنامه‌نگار در «دادگاه افکار عمومی» از او خواهد پرسید. با این حال آقای سلطانی توضیح بیشتری درباره این احضار نداد.

صدور حکم بخش دوم واگذاری املاک شهرداری - ۱۳۹۸
یک هفته پس از آخرین احضار، در تاریخ ۸ بهمن ۱۳۹۸، شعبه ۱۵ دادگاه انقلاب تهران طی حکمی برای دومین بار آقای سلطانی را به ۵ سال حبس تعزیری و محرومیت از فعالیت در فضای مجازی محکوم کرد.

این حکم برای اتهام «تشویش اذهان عمومی» به آقای سلطانی ابلاغ شده است؛ گفته شده که این حکم مرتبط به پرونده «افشای املاک شهرداری» و بخش مفتوح پرونده بوده است.

پرونده رشوه در تحقیق و تفحص شهرداری؛ ۱۳۹۹
در مرداد ۱۳۹۹ بخش حقوقی مجلس شورای اسلامی از یاشار سلطانی، صدرا محقق و وحید اشتری، به دلیل مطالب منتشر شده در خصوص رشوه ۶۵ میلیارد تومانی شهرداری تهران به نمایندگان مجلس دهم برای رد طرح تحقیق و تفحص در دوره شهرداریِ محمدباقر قالیباف شکایت کرده است. علاوه بر این سه تن شکایتی مجزا نیز از «مصطفی میرسلیم»، نماینده تهران در مجلس صورت گرفته بود.

یاشار سلطانی به عنوان یکی از افشاگران، با انتشار ۶ سند از پرونده رشوه ۶۵ میلیاردی در کانال تلگرامی شخصی خود نوشته بود: «سید ابوالفضل موسوی، نماینده سابق مجلس به دریافت ۶۵ میلیارد تومان رشوه در دوره قالیباف اعتراف کرده است. موسوی که از ۲۰ روز پیش در بازداشت است به دریافت رشوه ۶۵ میلیاردی از طریق شرکت "رسا تجارت" و شرکت "پژوهاب" اعتراف کرده است. این مبلغ به شکل هولوگرام و به نام "سید حسین موسوی" برادر او صادر شده که در حال حاضر متواری است.»

این پرونده با دو فقره شکایت در دادسرا فرهنگ و رسانه با اتهام «نشر اکاذیب» علیه آقای سلطانی تشکیل شد.

در آذر ۱۳۹۹ جلسه رسیدگی به آن در دادگکا برگزار و این روزنامه نگار به سیزده ماه و یک روز حبس محکوم شد.

«علی اصغر قهرمانی»، وکیل محمدباقر قالیباف در تاریخ ۲۹بهمن۱۳۹۹، با اعلام این خبر گفت که این حکم به دلیل انتشار توییت‌هایی از سوی یاشار سلطانی در خصوص موکلش صادر شده است. 

همچنین گفته شد مستندات دادگاه برای رسیدگی به این پرونده «پرینت مطالب منتشرشده توسط آقای سلطانی در شبکه‌های اجتماعی» بود. 

علی اصغر قهرمانی گفته بود که دفاعیات آقای سلطانی در دادگاه «غیر موثر» و قاضی وقوع بزه را محرز و مسلم تشخیص داد. 

این حکم با استناد به مواد ۶۹۷ قانون مجازات اسلامی (تعزیرات) و قانون کاهش مجازات حبس تعزیری مصوب ۹۹ حکم بر محکومیت صادر شد و آقای  سلطانی حق تجدیدنظر خواهی داشت.

به دنبال افشای این اطلاعات از سوی وکیل قالیباف، «علی مجتهدزاده»، وکیل سلطانی روز ۳۰ بهمن ۱۳۹۹ در حساب کاربری خود در توییتر نوشت: «خبرگزاری فارس به نقل از وکیل آقای قالیباف، مفاد رای دادگاه بدوی، مشعر بر محکومیت یاشار سلطانی با شکایت ایشان را منتشر کرده. باتوجه به غیرقطعی بودن رای و قرارداشتن پرونده در مرحله تجدیدنظر، بنا به تبصره٣ماده١٨٨ آ.د کیفری، اقدام وکیل محترم و خبرگزاری فارس تخلف وقابل پیگرد قضایی است.»