آقای نظری به دلیل فعالیت‌های مدنی و نوشته‌های انتقادی در فضای مجازی درباره فساد و ناکارآمدی برخی مقامات استان خوزستان و دیگر مسائل جامعه با شکایت مستقیم سازمان اطلاعات سپاه استان خوزستان به «یک سال حبس تعزیری» محکوم شد.

براساس اطلاعاتی «انصاف نیوز» درخراد ماه ۱۳۹۹، منتشر کرد، این پرونده مرتبط با سال ۱۳۹۷ است.

شهاب‌الدین نظری در این پرونده در شعبه ۲۸ دادگاه انقلاب تهران به ریاست قاضی مقیسه به اتهام «فعالیت تبلیغی علیه نظام» به یک سال زندان محکوم شد.

نظری که به دلیل نوشته‌هایش در شبکه‌های اجتماعی با شکایت سازمان سپاه خوزستان مواجه شده بود، در تاریخ هفتم بهمن۱۳۹۹ در صفحه توییتر خود در خصوص مستندات دادگاه برای این اتهام نوشته بود: «مصادیق تبلیغ علیه نظام هم به قول خودشان، از انتقاد از عملکرد نهادها و افراد در خوزستان گرفته تا تهران، "حمایت از دراویش" تا "انتشار تصاویر فمنیستی"، "حمایت از دختران خیابان انقلاب"، "درخواست رفع حصر سران فتنه" و… متنوع است.»

این حکم در شعبه ۳۶ دادگاه تجدیدنظر استان تهران عینا تایید شد.

آقای نظری روز ۷ بهمن۱۳۹۹، یک روز پیش از معرفی خود به زندان اوین برای اجرای حکم، با انتشار یادداشتی به زندان رفتن خود را فرصتی برای دانستن قدر اختیار و آزادی انسان عنوان کرد و نوشت: «حضور من و بسیاری دیگر در قالب احزاب اصلاح‌طلب نیز صرفا تصور غلط و امیدی واهی بود که به اصلاح‌طلبی داشتیم. شاید دیر اما نهایتا عشق به آزادی چراغ راهم شد تا در این مرداب فریبنده بیش‌تر فرو نروم. البته زندان هرگز انتخاب من نبود بلکه پاسخی است که به هر اعتراض ما می‌دهند.»

او یکی از منتقدان حکومت در مواجهه با مساله استان خوزستان است و در این باره در یادداشت خود آورده بود: ««نفت و گاز و آب را وقتی می‌برند و هیچ حقی برایمان قائل نیستند؛ فرقی نمی‌کرد لُری، دزفولی یا عرب. این حس تحقیر و توهین، همگانی بود. خوزستان به بهشت فاسدان و چاپلوسان تبدیل گشته، عمله‌های استبداد از استاندار تا سایرین تنها فکرشان خوش خدمتی به مرکز با حراج ثروت این استان است. دقیقا به همین علت است که سرکوب فعالان و آزادی خواهان در خوزستان همیشه شدیدتر از اکثر مناطق کشور بوده چراکه مجرای مالی باندهای مافیایی باید امن بماند.»

آقای نظری صبح روز هشتم بهمن ۱۳۹۹ جهت تحمل یک سال حبس راهی زندان اوین شده بود.

این فعال شبکه‌های اجتماعی روز ۱۵ فروردین ۱۴۰۰، پس از تحمل ۹ هفته حبس از زندان آزاد شد. از نحوه و دلایل آزادی پیش از موعد او اطلاعاتی دردست نیست با این حال احتمال می‌رود که آزادی آقای نظری به عفو ۱۰۰ نفر از محکومان امنیتی در فروردین ۱۴۰۰ مرتبط باشد.