سعید لیلاز روز ٢٧ خرداد 88 در خانه‌اش دستگیر شد و بیش از پنج ماه را در بازداشت موقت سپری کرد. او یکی از بازداشت شدگانی بود که در دادگاه های دسته جمعی در تاریخ سوم شهریور سال ٨٨ که از تلویزیون جمهوری اسلامی پخش شد، حضور داشت.

این اقتصاد‌دان حامی جنبش سبز، در دادگاه دیگری که ۲۶ آبان ماه ٨٨ تشکیل شد به اقدام علیه امنیت ملی، اخلال در نظم عمومی و نگهداری اسناد طبقه‌بندی دولتی متهم شد. سعید لیلاز در آذرماه‌‌ همان سال(88) به استناد دلایل و مستندات پرونده در دادگاه مجرم شناخته شده و بر‌اساس مواد ۵۰۰، ۵۱۴، ۶۱۰ و ۶۱۸ قانون مجازات اسلامی جمعا به ۹ سال حبس تعزیری و ۷۴ ضربه شلاق محکوم شد. او را پس از صدور حکم بازداشت کردند و دادگاه قرار بازداشتش را به قرار وثیقه تبدیل نکرد. وی پس از ۹ ماه زندان با سپردن وثیقه ۵۰۰ میلیون تومانی به مرخصی آمد.

او در طول روند دادگاه به دلیل تماس با حسین رسام، کارمند ایرانی سفارت بریتانیا در تهران به ارتباط با بیگانگان متهم شد. او در ارتباط با این اتهام گفته بود که به دلیل اقتضای شغل روزنامه نگاری ممکن است با هر فردی در ارتباط بوده باشد. پرونده او با اعتراض سعید لیلاز برای رسیدگی به شعبه ۵۴ دادگاه تجدید‌نظر استان تهران به ریاست قاضی موحدی فرستاده شد.

هیات قضایی پس از رسیدگی نهایی موضوع ماده ۶۱۰ (اقدام علیه امنیت کشور از طریق اجتماع و تبانی به قصد برهم زدن امنیت عمومی) به پنج سال حبس تعزیری و موضوع ماده ۵۱۴ (توهین به مقامات و شخصیت‌ها) دو سال حبس او را به یک سال کاهش داد.

دادگاه همچنین مقاله‌های اقتصادی لیلاز را مبنای اتهام دیگری قرار داده و از این بابت وی را به یک سال زندان محکوم کرد. وی همچنین به خاطر شرکت در راهپیمایی ۲۵ خرداد نیز به یک سال حبس محکوم شد و حکم او به شش سال حبس قطعی و ٧۴ ضربه شلاق تبدیل شد.

سعید لیلاز، سردبیر روزنامه اقتصادی سرمایه بود که به دلیل انتشار مقاله‌های انتقادی از عملکرد اقتصادی دولت احمدی‌نژاد توقیف و لغو امتیاز شد. براساس اطلاعیه منتشر شده از سوی معاونت مطبوعاتی وزارت ارشاد «هیئت نظارت بر مطبوعات امتیاز روزنامه سرمایه را به استناد تبصره۱۳ ماده۱۱ قانون مطبوعات لغو کرد.»

در تیرماه ۹۲ سعید لیلاز مجددا جهت اجرای حکم شش سال حبس قطعی به دادسرای مستقر در زندان اوین فراخوانده شد اما ساعاتی بعد و پس از بازجویی در بند امنیتی ۲۰۹ زندان اوین، با اعلام توقف حکم صادر شده آزاد شد و هم اکنون در تهران به سر می‌برد.