آگنجی به صورت آزاد با روزنامه های متعدد فعالیت کرده و پس از آن مشغول به فعالیت در سرویس سیاسی روزنامه «تحلیل روز» شد. این روزنامه در سال 1388 لغو امتیاز و توقیف شده است.
نیروهای اطلاعات استان فارس سعید آگنجی را 40 روز در بازداشتگاه موسوم به «پلاک 100» در شیراز نگه داشتند. آگنجی در پایان دی ماه 1388 با قرار کفالت 50 میلیون تومانی آزاد شد و در شعبه 2 دادگاه انقلاب شیراز به ریاست قاضی «یزدانی» محاکمه و به سه سال حبس تعلیقی به مدت سه سال و 91 روز حبس تعزیری محکوم شد. اتهامات او را «تبلیغ علیه نظام»، «تشکیل گروهک غیر قانونی»، «اجتماع و تبانی علیه نظام»، «ارتباط با رسانه های بیگانه»، «راه اندازی تجمعات غیر قانونی» و «اقدام علیه امنیت ملی» اعلام کردند. رای صادره در دادگاه تجدید نظر عینا تایید شد.

آگنجی در خصوص شرایط بازداشت خود چنین گفته است:«بیش از یک ماه را در انفرادی سپری کردم و در این مدت چندین بار سلولم را تغییر دادند و با افراد مختلفی هم سلول بودم. در کنارم مردانی بودند که خسته و بیمار بودند و در سلول‌های کنار من صدای گریه و نجوای زنان و دخترانی که بازداشت شده بودند، به گوشم می‌رسید.»

سعید آگنجی در شب چهارم بازداشت، به دلیل فشار بازجویی به بیمارستان منتقل و پس از شش ساعت، دوباره به سلول انفرادی بازگردانده شد. او در خصوص شرایط نابسامان بازداشتگاه پلاک 100 شیراز چنین می گوید:«در سلول‌های انفرادی (پلاک۱۰۰) شیراز فقط موکت نازکی کف سلول پهن و در زمستان‌ها به شدت سرد است و مدام چراغی در سلول، در ارتفاع چهار الی پنج متری روشن است که مانع خوابیدن می‌شود. وجود چاه دست شویی در سلول و نبود سیستم تهویه و بوی نا‌مطبوع درون سلول که باعث بیماری‌های عفونی و میکروبی می‌شود، تمام این موارد باعث می‌شوند که زندانی نتواند خواب درستی داشته باشد و همین بی‌خوابی باعث می‌شود در هنگام بازجویی تمرکز درستی وجود نداشته باشد.»

سعید آگنجی در دوران بازجویی تحت شکنجه های روحی قرار داشته است و آثار روانی این شکنجه ها هم چنان او را آزار می دهند. او در باره  این گونه شکنجه ها می گوید:«در یکی از روزهای بازجویی، چند اتاق آن طرف‌تر فردی را در حد مرگ داشتند شکنجه می‌دادند و صدای گریه والتماس آن فرد همه محیط را در بر گرفته بود. به گونه‌ای که من از شنیدن این فریاد‌ها ترسیده بودم. بازجو چندین بار سؤالی تکراری از من می‌پرسید و هر بار من یک پاسخ تکراری می‌دادم. بعد از مدت کوتاهی بازجو سؤال را نوشت و به من گفت من از اتاق خارج می‌شوم و تا برمی گردم، سؤال را پاسخ داده باشی. بعد از رفتن بازجو، چند دقیقه نگذشته بود که فردی را که داشتند شکنجه می‌دادند و دائماً ناله و فریاد می‌زد، وارد اتاق من کردند و پشت سر من شروع به شکنجه کردن و زدن آن فرد کردند. او دائماً التماس می‌کرد. تمامی اتفاقات در چند دقیقه رخ داد. بازجویان آن فرد دو  نفر بودند و زمانی که یکی از آن‌ها مرتب آن فرد را شکنجه می‌داد، فرد دیگر من را از روی صندلی بلند کرد و با فحاشی و چند سیلی به دیوار چسباند. من تنها در این فاصله توانستم بگویم من دانشجو هستم اما آن‌ها دست بردار نبودند. بعد از چند دقیقه من را از اتاق خارج کردند و در راهرو قرار دادند.‌‌‌ همان زمان بازجوی من با سرعت آمد و گفت این دانشجو است و من را‌‌‌ رها کردند و در اختیار بازجوی خودم قرار دادند.»

سعید آگنجی در سال 1391 به صورت غیرقانوی از ایران خارج شد و در حال حاضر در کشور فنلاند زندگی می کند. او با رسانه های انگلیسی و فارسی زبان به صورت آزاد مشغول به همکاری است.