بازداشت اول - 1391
در روزهای ابتدایی بهمن1391، «غلامحسین محسنی اژه‌ای»، سخنگوی وقت قوه قضائيه گفت: «ما اطلاعات و منابع موثقی داریم که برخی افراد ازیک‌طرف در نشریات خودمان کار می‌کنند و از طرف دیگر با بیرون در ارتباط هستند. حال اگر با این فرد برخورد کنیم در بوق می‌کنند که فلان روزنامه‌نگار را دستگیر کردند». 

کمتر از یک هفته بعدازاین اظهارات موج دستگیری روزنامه‌نگاران روزنامه های شرق، اعتماد، آرمان، بهار و آسمان شروع شد و یکی از روزنامه‌نگاران بازداشتی صبا آذرپیک بود. مصاحبه‌ها و گزارش‌های جنجالی و چالش‌برانگیز او در مورد افشای ضرب و شتم و توهین بازداشت‌شدگان طرح امنیت اجتماعی در خیابان‌های تهران که در نهایت به شکایت نیروی انتظامی از خانم آذرپیک منجر شد و پیگیری مصرانه پرونده مرگ ستار بهشتی، وبلاگ نویسی که در بازداشتگاه پلیس فتا به خاطر شکنجه جان داد، همچنین گزارشی که از مراسم چهلم ستار در قبرستان رباط کریم نوشت، نام او را بر سر زبان‌ها انداخت. 

مصاحبه‌های صبا آذرپیک با «محمدصادق کوشکی» که گفته می‌شود کارشناس مسائل رسانه‌ای وزارت اطلاعات است و «علی‌اکبر جوانفکر»، مشاور رسانه‌ای محمود احمدی‌نژاد و مدیرعامل سابق خبرگزاری ایرنا در برانگیختن خشم جناح اصولگرا بی‌تأثیر نبود. 

مامورین امنیتی شامگاه نهم بهمن‌ماه ۱۳۹۱  به خانه خانم آذرپیک رفته و حاضر نشدند حکم بازداشت او را نشان بدهند، به همین دلیل هم با مقاومت خانم آذرپیک مواجه شدند. نیروهای امنیتی در منزل را شکستند، خانه را گشتند و با ضرب و شتم، این روزنامه نگار را بازداشت کردند و بعد از بازداشت او، حکمش را نشان دادند. در نهایت او قریب به یک ماه را در زندان گذراند و سرانجام نیمه اسفندماه سال 91  بود که به قید وثیقه آزاد شد. 

بازداشت دوم - 1393
صبا آذرپیک برای بار دوم در روز هفتم خردادماه سال 1393 با حکم قضایی در خیابانی حوالی منزل شخصی‌‌اش دستگیر شد. ماموران او را با خودشان به دفتر هفته‌نامه تجارت فردا بردند و از آنجا با دو کیس کامپیوتر موجود در اتاق صبا که یکی از آنها متعلق به همکار او بود، به بازداشتگاه منتقل کردند. 

مادر این روزنامه نگار در مورد وضعیت دخترش در آن زمان به «ایران وایر» گفته بود: «روز 30 تیر در دادگاه به دستور آقای «محمد مقیسه» توانستم برای چند دقیقه صبا را ملاقات کنم. وقتی صبا را بغل کردم، دیدم تب شدیدی دارد. حرارت آن تب هنوز هم وجود مرا می‌سوزاند». 

«علی مطهری»، نماینده مجلس ایران یک هفته بعد از بازداشت صبا گفت که قوه قضاییه مسئول دستگیری این روزنامه‌نگار است. اما  بنا به آنچه خانم «اکرم محمدی» می‌گوید صبا به علت بازسازی بند 59 قوه قضاییه هم‌اکنون در انفرادی بازداشتگاه سپاه نگهداری می‌شود. پس‌ازآن حسن روحانی نیز در مورد وضعیت این روزنامه‌نگار زندانی مورد سؤال خبرنگاران قرار گرفت و قول پیگیری داد که هنوز از تحقق وعده روحانی خبری نیست.

«محمود علیزاده طباطبایی» وکیل این روزنامه‌نگار گفته بود در مورد اتهامات موکلش خبر ندارد و فقط اتهام «تبلیغ علیه نظام» را از دادسرای اوین شنیده است. شاهدان عینی که او را روز سی‌ام و سی و یکم تیرماه در شعبه بیست‌وشش دادگاه انقلاب دیده‌اند، می‌گویند که صبا در شرایط جسمی و روحی مناسبی به سر نمی‌برد و به علت ماندن طولانی‌مدت در سلول انفرادی و بازجویی‌های شدید به‌شدت لاغر و رنگ‌پریده شده بود. به نظر می‌رسد آن‌طور که «محمود علیزاده طباطبایی»، وکیل صبا در گفت‌وگو با ایران وایر گفته « صبا در حال حاضر دو پرونده دارد؛ یک پرونده او در دادگاه است و پرونده دیگرش در دادسرا.» 

آقای علیزاده طباطبایی به خبرگزاری ایرنا گفته که ‌پرونده صبا آذرپیک در شعبه ۲ بازپرسی دادسرای فرهنگ و رسانه بررسی می‌شود.

او درباره دادگاهی که صبا در حین بازداشت اخیرش در آن حضور یافته به «ایران‌وایر» می‌گوید: «در دادگاه، پرونده قبلی ایشان موردبررسی قرارگرفته که من وکالت آن را بر عهده ندارم. برای همین این دادگاه او بدون حضور وکیل بوده است. پرونده‌ای که وکالت آن به من واگذارشده، در دادسرا است و هنوز کیفرخواست برای آن صادر نشده است.» 

مادر صبا آذرپیک که با گشایش یک صفحه در فیس‌بوک به نام «مادر صبا» قصد اطلاع‌رسانی از وضعیت فرزندش را داشت، دو روز بعد از فعالیت فیس‌بوکی تهدید شد که برای حفظ  جان و امنیت فرزندش بهتر است سکوت کند. 

خانم «اکرم محمدی» در یک پست فیس‌بوکی از تهدیدش برای هر نوع اطلاع‌رسانی خبر داد و نوشت: «من تا به این سن چنین مرامی را در زندگی‌ام به یاد ندارم، که فرزندی گروگان گرفته شود و مادری تهدید به جان فرزندش.»

بی‌بی‌سی فارسی در آن زمان از مادر صبا آذرپیک نقل قول کرده که، او در دیدار کوتاهی با دخترش، در حاشیه زمان برگزاری یکی از دادگاه‌هایش فهمیده که او در یکی از بازداشتگاه‌های سپاه نگهداری می‌شود.

خانم محمدی ۶۵روز بعد از بازداشت صبا آذرپیک به ایران وایر گفت: هر وقت پی‌گیری کردم، به ما ‌گفتند ما وظیفه‌ای نداریم به شما جواب دهیم. فقط صبا روز اول پس از تفهیم اتهام به من گفت که در بند ۵۹ قوه قضاییه بازداشت می‌شود اما وقتی چهلمین روز بازداشتش تماس گرفت، به من گفت به علت بازسازی بند ۵۹، من را به بازداشتگاه سپاه آورده‌اند.
بی‌بی‌سی فارسی به نقل از صبا آذرپیک گفته بود که، او "توسط حفاظت امنیت قوه قضائیه" ایران بازداشت شده بود.

این روزنامه‌نگار در طول این مدت در سلول انفرادی نگهداری می‌شد.

صبا آذرپیک در روز ۲۹ شهریور ۱۳۹۳ خورشیدی بعد از تودیع وثیقه ۲۰۰ میلیون تومانی از زندان آزاد شد.

بازداشت سوم - 1397؛ انتشار سند درباره واردات غیرقانونی خودرو
صبا آذرپیک در آبان‌ماه ۱۳۹۷ خورشیدی در اکانت خود در توییتر تصویر نامه‌ای را منتشر کرد که نشان می‌داد،‌ «محمد شریعتمداری»، وزیر سابق صنعت،‌مسکن و تجارت در واردات غیرقانونی ۶۴۸۱ دستگاه خودرو نقش داشته است. این سند مربوط به وزارت اطلاعات تایید می‌کرد که آقای شریعتمداری در واردات «غیرقانونی» این خودروها مرتکب «تخلف» است. 
صبا آذرپیک در روز ۸ آبان‌ماه ۱۳۹۸ بازداشت شد.

پس از انتشار خبر بازداشت صبا آذرپیک، محمد شریعتمداری در توییتر این بازداشت را تایید کرد اما گفت که او از خانم آذرپیک شکایت نکرده است. 

پیش از این بازداشت حساب توییتری آقای شریعتمداری به انتشار توییت صبا آذرپیک واکنش نشان داده و گفته بود، ‌این نامه به صورت ناقص منتشر شده است. او در نامه‌ای به حسن روحانی،‌رییس‌جمهوری ایران در این باره گفته بود: «این تخلف در نیمه اول سال ۱۳۹۶ خورشیدی و زمانی رخ داده که او هنوز وزیر نبوده است.»

در نهایت خانم آذرپیک عصر روز ۹ آبان‌ماه ۱۳۹۷ خورشیدی بعد از یک روز بازداشت با قید وثیقه آزاد شد.

بازداشت چهارم - 1399؛ سوال از قوه قضاییه
در تاریخ ۱۹بهمن۱۳۹۹، عطاالله حافظی، همسر خانم آذرپیک از «بازداشت غیرقانونی» و «بدون احضاریه» همسرش توسط پلیس فتای جمهوری اسلامی خبر داد. 

او گفته بود آذرپیک را پس از بازداشت به «دادسرای جرایم رایانه‌ای» منتقل کرده‌اند. 

حافظی در این باره در صفحه توییتر خود نوشته بود: «ساعت ۱۸ درخواست کفالت من یا وکیل این پرونده خانم رزاقی پذیرفته نشد و ساعت ۲۲ در حالی که به اتاق سرپرست دادسرا پناه برده بود و فریاد تظلم‌خواهی سر می‌داد که صورت‌جلسه وقایع تنظیم شود، با خشونت تمام با حضور چهار مامور به‌صورت غیرقانونی بازداشت شد.» 

حافظی بازداشت همسرش را به «جریان مشکوکی در قوه قضاییه» ربط داده بود. 

گفته شده در هفته‌های منتهی به بازداشت خانم آذرپیک، او سوالاتی را از «ابراهیم رئیسی»، رییس قوه قضاییه در شبکه‌های اجتماعی مطرح کرده بود که رسانه‌ها بازداشت او در پی طرح این سوالات عنوان کردند. 

خانم آذرپیک پس از دو روز بازداشت، در تاریخ ۲۰ بهمن۱۳۹۹ با قرارکفالت آزاد شد. 

همسر او با انتشار خبر آزاد شدن این روزنامه‌نگار، در صفحه توییر خود نوشت: «هم‌چنان فسادیاب، صدای رسای جامعه ایران با قدرت و البته پابرهنه برقرار است.» 

هنوز از اتهام‌های مطروحه علیه این روزنامه‌نگار اطلاعاتی منتشر نشده است.