تشییع جنازه هدی صابر در قطعه ۱۰۰ بهشت زهرا، تحت تدابیر شدید امنیتی برگزار شد.

سازمان گزارشگران بدون مرز طی بیانیهای مقام های حکومت ایران را مسئول مرگ رضا هدی‌صابر، روزنامه نگار و فعال ملی - مذهبی دانست.

زندانیان سیاسی بند ۳۵۰ زندان اوین با امضای شهاد‌ت‌نامه‌ای، علت مرگ هدی صابر را ضرب و شتم از سوی ماموران زندان اوین اعلام کردند. حکومت ایران با رد این شهادت‌نامه، مرگ این زندانی سیاسی را نارسایی قلبی عنوان کرد.

در شهادت‌نامه زندانیان بند ۳۵۰ که به امضای ۶۴ تن از هم‌بندیان هدی‌صابر رسیده، آمده است: «هدی صابر ساعت چهار بامداد جمعه ۲۰ خردادماه برای نخستین بار به بهداری مستقر در زندان اوین جنب بند ۳۵۰ منتقل شد اما دو ساعت بعد در حالی که از درد به خود می‌پیچید به بند بازگردانده شد و از صدای فریاد او هم اتاقی‌هایش بیدار شده و دور او حلقه زدند در این هنگام صابر گفت :«در بهداری نه تنها هیچ رسیدگی به وضعیتم نشد بلکه مورد ضرب و شتم و توهین قرار گرفته‌ام و توسط مامورانی در لباس پرسنل بهداری از اتاق درمان بیرون انداخته شده‌ام . ما شهادت می‌دهیم هدی صابر که از درد به شدت می‌لرزید و به خود می‌پیچید در اتاق یک بند ۳۵۰ با صدای بلند اعلام کرد که : «از دست آنها شکایت خواهم کرد.»

سه روز پس از مرگ مشکوک هدی صابر، عباس جعفری دولت‌آبادی، دادستان تهران در یک کنفراس مطبوعاتی گفت: « او روز جمعه اظهار کسالت می‌کند. دو بار به بهداری زندان منتقل می‌شود و بعد به دلیل کسالت بیش از حد از طریق رئیس دادسرای زندان به بیمارستان منتقل می‌شود اما در بیمارستان دچار آنفارکتوس (ایست قلبی) می‌شود.» جعفری دولت‌آبادی در این کنفراس مطبوعاتی ادعا کرد که پیکر هدی صابر را به خانواده‌اش تحویل داده‌اند. اما سایت جرس با رد این ادعا خبر داده بود که مسئولان از تحویل هدی صابر به خانواده‌اش امتناع کردند.
در آستانه اولین سالگرد جان باختن هدی صابر، محسنی اژه‌ای، سخنگوی قوه قضاییه در پاسخ به سوالی در مورد وضعیت پرونده‌های مرگ هاله سحابی و رضا هدی ‌صابر گفت: « در این پرونده‌ها نتیجه‌گیری شد و آخرین نظریات پزشکی قانونی هم اعلام شد که طبق آن کسی در این خصوص مقصر نیست.»

در واکنش به پاسخ سخنگوی قوه قضاییه به خبرنگاران در رابطه با مرگ هدی صابر، خانواده وی در گفت‌وگو با سایت ملی مذهبی گفتند: «ما اظهارات آقای اژه‌ای را در رسانه‌ها خواندیم اما پرونده هنوز باز و در جریان است و چیزی در این زمینه به ما اعلام نشده است. پرونده در دادگاه جنایی باز است و وکیل ما در حال پیگیری است. هنوز از سوی هیچ مقام قضایی چیزی به ما گفته نشده و ما این خبر را در رسانه ها دیدیم.»

پیش از این فیروزه صابر، خواهر هدی صابر بعد از مرگ برادرش اعلام کرده بود که خانواده وی از مسئولان زندان اوین به دلیل درگذشت برادرش در زندان شکایت کرده‌اند.

هدی صابر و امیرخسرو دلیرثانی، به عنوان دو زندانی متعلق به جریان فکری ملی - مذهبی، «در اعتراض به مرگ هاله سحابی و برای جلوگیری از تکرار این بیدادگری‌ها علیه انسانهای بی دفاع» دست به اعتصاب غذای تر زده بودند.

این دو با توصیف خانم سحابی به عنوان فردی که «مادر صفت و خواهرگونه در خدمت مردمان و آسیب دیدگان وقایع دو سال اخیر» کشور به دنبال انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۸۸ بود»، تاکید کرده بودند که در اعتصاب غذای خود هیچ «مطالبه و خواسته شخصی» ندارند.

هاله سحابی، فرزند عزت الله سحابی و از فعالان ملی - مذهبی، روز ۱۱ خرداد و در پی حمله نیروهای امنیتی به مراسم تشییع و خاکسپاری پدر خود، در گذشته بود.

روز ۱۰ خرداد نیز، عزت الله سحابی رئیس شورای فعالان ملی - مذهبی، در پی حدود یک ماه کما، از دنیا رفته بود.

رضا هدی‌صابر بارها بازداشت شده بود. اما آخرین بار به سال ۱۳۸۹ بر می‌گردد٬ در تیرماه آن سال در حالی که به فعالیت شغلی خود در طرح کارآفرینی برای مناطق حاشیه‌نشین شهر زاهدان مشغول بود و هم‌زمان به فعالیت‌هایی مثل برپایی کلاس‌های قرآن (باب بگشا) در حسینیه ارشاد ادامه می‌داد، با تماس‌های تهدیدآمیز مبنی بر لزوم معرفی برای سپری کردن دوره زندانی که حدود ۷ سال از زمان صدور حکم آن (در سال ۱۳۸۲) گذشته، مواجه و چند روز بعد در تاریخ ۱ مرداد دستگیر و به زندان اوین منتقل شد. 

آقای صابر بلافاصله پس از انتخابات ریاست جمهوری دهم، یک بار دیگر برای مدتی کوتاه بازداشت شده بود.
وی در بهمن ماه ۱۳۷۹ نیز دستگیر و به دنبال بیش از یک سال حبس، در دادگاه به پنج سال و نیم زندان محکوم شد؛ هر چند اجرای این حکم به تعویق افتاد و او با وثیقه ١٣٠ میلیون تومانی از زندان بیرون آمد.

هدی صابر در اردیبهشت ۱۳۸۲، مجددا مورد محاکمه قرار گرفت و به ۱۰ سال زندان و ۱۰ سال محرومیت از حقوق اجتماعی محکوم شد و تا برگزاری دادگاه تجدید نظر آزاد شد. اما در خرداد همین سال یک بار دیگر بازداشت شد و سه ماه در زندان انفرادی به‌سر برد.

دادگاه تجدید نظر در مرداد ۱۳۸۵، بدون تصمیم گیری در مورد پرونده قدیمی تر بازداشت آقای صابر در سال ۱۳۷۹، حکم هشت ماه زندان برای او را به اتهام معاونت در تشکیل یک سازمان غیر دولتی بدون مجوز تأیید کرد.

این در حالی بود که عبدالفتاح سلطانی وکیل هدی صابر تاکید داشت که این سازمان به ثبت قانونی رسیده است.

سازمان‌های حقوق بشری پرونده‌ی مرگ او را بسته نمی‌دانند و خواستار بررسی٬ توضیح و محاکمه عوامل احتمالی آن هستند.