انتخابات سال 1388
پس از انتخابات بحث‌ّبرانگیز سال 1388 آقای فقیهی به اتهام «اقدام علیه امنیت ملی» و «تشویش اذهان عمومی» با شکایت شورای عالی امنیت ملی، بانک مرکزی و عیسی کلانتری که در آن دوران یکی از وزرای دولت هاشمی رفسنجانی بود، به 11 ماه حبس محکوم شد.

این حکم با توجه به «جوانی» آقای فقیهی در دادگاه تجدید نظر به جزای نقدی، معادل 2 میلیون تومان تغییر یافت.

انتشار یک کامنت در سایت انتخاب و اتهام توهین به رهبری
روز 15 مهر سال 1392 بابت انتشار یک خبر و با شکایت شرکت مترو تهران، آقای فقیهی به شعبه 12 دادسرای فرهنگ و رسانه مراجعه کرد.

در این روز میان قاضی شفیعی، رئیس شعبه و آقای فقیهی درگیری لفظی به وقوع پیوست که باعث شد، پرونده‌ای که پیش از این با اتهام توهین به رهبری با قول دادستان تهران مختومه فرض شده بود، مجدداً به جریان بیفتد.

این پرونده مربوط به کامنتی می‌َشد که سایت انتخاب آن را منتشر کرد و 20 دقیقه بعد از بخش نظرات حذف کرد.

آقای فقیهی روز 15 مهر بازداشت و فردای آن روز با وثیقه 100 میلیون تومانی آزاد شد.

رسانه‌ها در آن تاریخ اتهام او را «نشر اکاذیب» عنوان کرده بودند.

یک منبع آگاه در این خصوص خرداد ماه 1399، به «خبرنگاری جرم نیست» گفته بود: «در سال 92، قاضی شفیعی به دادستان گفت که اگر فقیهی بازداشت نشود، استعفا می‌دهد. چند سال بعد از این ماجرا یعنی سال 1396، دادیاری به نام «شوشتری» مجدداً پرونده را به جریان انداخت و با اقدام غیرقانونی، دروغ‌هایی در پرونده اضافه کرد که نهایتاً به محکومیت مصطفی در سال ۹۸ انجامید و مصطفی هم در مقابل از دادیار شوشتری شکایت کرد.»

 فقیهی با انتشار یک مجموعه توییت ، روز 4 اسفند 1398 در این باره توضیح داده بود: «امروز برای اولین بار می‌گویم، علت بازداشتم در 15 مهر 92، نه انتشار اکاذیب (بنا به خبر منتشره در بی بی سی) که همین اتهام «توهین به رهبری» بود. از همان ایام باور نداشتم درصدی احتمال برائت یا تخفیف در مجازاتم باشد.»

این روزنامه نگار در همین مجموعه توییت نوشته بود: «امروز به اتهام توهین به به مقام معظم رهبری در دادگاه مطبوعات و هیات منصفه مجرم شناخته شدم. علت: انتشار کامنتی طی 20 دقیقه در سایت انتخاب، حذف فوری آن! و انتشار عکس و فیلم آن در رسانه های سوپرانقلابی برای پرونده سازی علیه همکار خود! شرحی دیگر بر این «جور» نیست؛ واژگان، خود گویایند!»
رای دادگاه پرونده توهین به رهبری هنوز صادر نشده است.

مجرم شناخته شد
فقیهی از جمله روزنامه‌نگارانی است که در طول دوران رسانه‌ای‌اش با بالغ بر 100 شکایت با عناوین مختلف راهی دادسرا شده که عموماً تبرئه و یا با پرداخت جزای نقدی مجرم شناخته شده شده است. 

آذر ماه 1393 با شکایت بانک سپه شعبه 79 دادگاه کیفری استان تهران، این روزنامه‌نگار را به اتهام نشر اکاذیب به قصد تشویش اذهان عمومی مجرم شناخته شده بود.

روز 28 دی 1393، فقیهی که آن زمان مدیر مسئول انتخاب بود، به گزارش ایرنا، به اتهام نشر اکاذیب به قصد تشویش اذهان عمومی، توهین به دستگاه قضایی و فعالیت تبلیغی علیه نظام با شکایت مدعی‌العموم در شعبه 76 دادگاه کیفری استان تهران در هر سه عنوان اتهامی مجرم شناخته شد. 

این اتهامات به دلیل انتشار نامه دوم «صادق زیباکلام» به «حسین شریعتمداری» بوده است که در 13 بهمن 1392 ، در سایت انتخاب منتشر شده بود. سایت «انتخاب» همان ایام به دلیل انتشار همین نامه به مدت6 روز فیلتر شد.

در این نامه آقای زیباکلام خطاب به آقای شریعتمداری نوشته بود: « معتقد می‌بودم که کشوری مانند ایران با شرایطی که دارد، اولویت هایش باید تعلیم وتربیت، بهداشت، محیط زیست، کشیدن خط آهن، اصلاح جاده ها و ایجاد اشتغال بود، جنابعالی معتقدید که برنامه هسته ای به نفع مملکت است، بفرمایید دستاوردهای آن کدام است؟»

اسفند 1394، دادگاه مطبوعات (شعبه 6 دادگاه کیفری استان تهران)، فقیهی را به اتهام نشر مطالب خلاف واقع به قصد اضرار به غیر مجرم شناخت.

همچنین در شهریور سال 1396، شعبه 9 همین دادگاه به اتهام نشر مطالب خلاف واقع و کذب، صاحب امتیاز سایت انتخاب را مجرم شناخته بود.

سایت انتخاب در دولت محمود احمدی نژاد و حسن روحانی بیش از پانزده بار توقیف شده است.

اطلاع رسانی در خصوص آمار مبتلایان به کرونا
در بحبوبه شیوع ویروس کرونا در اسفند ماه 1398 در ایران، سازمان گزارشگران بدون مرز طی بیانیه عنوان کرده بود که مصطفی فقیهی برای «انتشار اطلاعات نایکسان با داده‌های رسمی»، توسط وزارت اطلاعات و دادستانی انقلاب احضار شده است. 

این روزنامه‌نگار در ارتباط با شایعه بازداشت‌َ خود در سایت انتخاب نوشته بود: «من بازداشت نشدم؛ فقط چند بار احضار شدم (مثل همین چند دقیقه قبل) و توضیحاتی درباره‌ی یکی از توییت هایم با محتوای آمار مشکوک و قطعی فوتی های کرونا ارائه دادم؛ ضمن آن که غیبتم در چند روز اخیر به دلیل عارضه سرماخوردگی بود که به لطف الهی احوالاتم خوب است.»