محمدرضا نوربخش روز سیزدهم مردادماه سال ۱۳۸۸ ساعت نه شب توسط نیروهای امنیتی در محل کارش در روزنامه فرهیختگان بازداشت شد. ماموران حین بازداشت او، به تفتیش وسایل شخصی او در محل کارش پرداخته و بخشی از وسایل او را همراه خود بردند. پیش‌تر از آن منزل او را مورد تفتیش قرار داده بودند.

محمدرضا ۲۱۰ روز را در بازداشت به سر برد که از این مدت، پنجاه و چهار روزش در انفرادی گذشت. پرونده او ابتدا در شعبه ۱۵ دادگاه انقلاب به ریاست قاضی صلواتی مورد رسیدگی قرار گرفت و به شش سال حبس تعزیری محکوم شد که این حکم با اعتراض محمد رضا در شعبه ۳۶ دادگاه تجدید نظر به ریاست قاضی زرگر به سه سال زندان کاهش یافت.

او در پنجمین جلسه دادگاه عمومی متهمان حوادث پس از انتخابات که در شهریورماه سال ۱۳۸۸ برگزار شد نیز حضور داشت و حکم دو سال از سه سال حکم زندان او به دلیل شرکت در راهپیمایی اعتراضی روز بیست و پنجم خردادماه سال ۱۳۸۸ صادر شده بود که این حکم در بیست و دوم دیماه سال ۱۳۸۸ برای اجرا، به واحد اجرای احکام دادسرای عمومی و انقلاب تهران ارجاع شد. درتاریخ یازدهم اسفندماه سال ۱۳۸۸ به مرخصی رفت و تا پایان دوره محکومیت، مرخصی وی تمدید شد البته این مرخصی هر بار به مدت یک هفته تمدید می‌شد و این روند تا مدت‌ها ادامه داشت. مبلغ وثیقه‌ای که برای مرخصی او تعیین شد ۸۰۰میلیون تومان بود. محمدرضا نوربخش در حال حاضر به فعالیت روزنامه نگاری خود ادامه داده و مدیر مسول وب سایت تدبیر خبر است.