او در تاریخ 18 آذر 1377 به قتل رسید. پوینده از فعال‌ترین اعضای کانون نویسندگان ایران بود و تا پیش از مرگش در دفتر پژوهش‌های فرهنگی مشغول به کار بود.

محمدجعفر پوینده از طرفداران جریان چپ در ایران بود، اما به ایده‌های سنتی مارکسیسم باور نداشت و هرگز به سازمان یا حزبی سیاسی نپیوست. او مدافع سرسخت دموکراسی، حقوق بشر و آزادی نامحدود اندیشه و بیان بود.

پوینده در سال ۱۳۴۹ دیپلم گرفت و در همان سال در رشتهٔ حقوق قضایی در دانشگاه تهران پذیرفته شد.

او در سال ۱۳۵۳ برای ادامه تحصیل به دانشگاه معتبر سوربن در فرانسه رفت و مدرک فوق لیسانس جامعه‌شناسی را از این دانشگاه دریافت کرد و در شهریور ۱۳۵۷ در بحبوحه انقلاب ایران، به کشور بازگشت.

پوینده پس از انقلاب، وقت خود را وقف ترجمه آثار مختلف فلسفی و ادبی کرد و کتاب‌های بسیاری را از زبان فرانسه به فارسی برگرداند که برخی از آن‌ها هنوز منتشر نشده‌اند. 
یک ماه پیش از مرگ غیرمنتظره پوینده، سقف اتاق اجاره‌ای‌اش فرو ریخت و میز کار و کتاب‌هایش زیر آوار مدفون شد.

او در یادداشتی در مقدمه کتاب «تاریخ و آگاهی طبقاتی»، فشارهای اقتصادی زندگیش را چنین بیان می‌کند: «ترجمه کتاب تاریخ و آگاهی طبقاتی را در اوج انواع فشارهای طبقاتی و در بدترین اوضاع مادی و روانی ادامه دادم. شاید هم مجموعه همین فشارها بود که انگیزه و توان به پایان رساندن ترجمه این کتاب را در وجودم برانگیخت، و راستی چه تسلایی بهتر از به فارسی درآوردن یکی از مهم‌ترین کتاب‌های جهان در شناخت دنیای معاصر و ستم‌های طبقاتی آن. تا چه قبول افتد و چه در نظر آید.»

محمدجعفر پوینده ۱۸ آذر ۱۳۷۷ از منزلش خارج شد و 10 روز بعد، جسد وی در روستای بادامک در شهرستان شهریار پیدا شد. 

علت مرگ او از طرف سازمان پزشکی قانونی خفگی اعلام شد . بعدها مشخص شد که او یکی از قربانیان ترورهای سیاسی‌ و «قتل‌های زنجیره‌ای» از سوی عوامل وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی بوده است.

بعدتر شخصی به نام «علی روشنی» به عنوان کسی که او را خفه کرده معرفی و به حبس ابد محکوم شد اما هرگز مشخص نشد که او آیا برای سپردن حکم خود به زندان منتقل شد یا خیر. 

آقای پوینده در آرامگاه امامزاده طاهر در کرج به خاک سپرده شد. آثار منتشر شده او بالغ بر ۲۶ کتاب و مقاله در حوزه جامعه‌شناسی و فلسفه است.