او سردبیری نشریاتی چون اعتماد ملی، شهروند امروز، روزنامه هم‌میهن، هفته‌نامه ایراندخت، روزنامه آسمان، هفته‌نامه آسمان، هفته‌نامه صدا و روزنامه مردم امروز، مهرنامه، هفته نامه صدا و مجله سیاست نامه را به عهده داشته داشته است.

قوچانی روز 30 خردادماه در پی حوادث پس از انتخابات مناقشه‌برانگیز سال 1388 بازداشت شد. او در آن زمان سردبیری روزنامه اعتماد ملی، ارگان حزب اعتماد ملی (حزب مهدی کروبی) را به عهده داشت.

بر اساس گزارش‌های منتشر شده نیروهای امنیتی در نیمه‌های شب به خانه محمد قوچانی رفته و او را به دفتر روزنامه اعتماد ملی برده‌ و پس از تفتیش دفتر این روزنامه، او را به زندان فرستاده بودند. 

حدود دو ماه پس از بازداشت قوچانی روزنامه اعتماد ملی در ۲۶ مرداد توقیف موقت شد. محمد قوچانی در دو دادگاه دسته‌جمعی متهمان حوادث بعد از انتخابات حضور داشت. مریم باقی، همسر او چندهفته پس از بازداشت او به صادق لاریجانی، رییس قوه قضاییه نامه نوشت. 

او با انتقاد از عدم رعایت حقوق متهم، دراین نامه آورد که محمد قوچانی «ساعت2 بامداد پس از نمازجمعه 29 خرداد 1388 در خانه بازداشت شد و مدتی را در سلول انفرادی گذراند.

سپس به سلول چند نفره بدون رعایت اصل تفکیک متهمان منتقل شد. طبق قانون، ضابط قضایی بیش از 24 ساعت نمی تواند متهم را در بازداشت نگه دارد و باید در اسرع وقت پرونده فردی را که از نظر آنان متهم است به دادگاه ارجاع دهند این در حالی است که پس از گذشت حدود 2 ماه در مراجعه به دادگاه انقلاب متوجه شدیم که پرونده آقای قوچانی به آنجا رسیده و ثبت شده است.

قوچانی تقریبا یکماه و نیم از مدتی که در حبس بود مطلقا بازجویی نداشته و به حال خود رها شده و این نقض آشکارقانون فقط برای آزار زندانی است. پس از انقضای مدت دوماه دیگر هیچ وجهی برای ادامه این بازداشت قانون شکنانه وجود نداشت و باید روز پنج شنبه 28 مرداد که 60 روز پایان یافت از زندان آزاد می شد اما اعلام کردند قرار وثیقه یک میلیارد ریالی صادر شده است.

این قرار سنگین و بدون مبنا  بود و معلوم نیست با چه معیاری چنین رقمی تعیین شده است در عین حال با زحمت زیادی مراحل کارشناسی سند و توقیف  سند انجام و قبل از پایان وقت اداری یکشنبه 1شهریور وثیقه تامین شد و نامه آزادی آقای قوچانی به زندان ابلاغ گردید و گفته شد ساعت4-5 بعد ازظهر آزاد می شود. اعضای خانواده از زمان موعود تا حدود ساعت12 شب در برابر زندان اوین چشم به راه آزادی او بودند و لحظه های سخت و جانکاه را با زبان روزه و بدون افطار می شمردند اما سرانجام گفته شد که او آزاد نمی شود.

قوچانی سرانجام در ساعت دو بامداد جمعه ۸ آبان پس از ۱۳۱ روز بازداشت، توسط مأموران در یکی از خیابان‌های تهران، روبروی یک آژانس رها شد. او تمام این مدت در بند ۲۰۹ زندان اوین زندانی بود. 

اما این نخستین باری نبود که قوچانی بازداشت می‌شد، او در سال ۱۳۷۹ به اتهام نشر اکاذیب و توهین به مقدسات به مدت ۳۶ روز بازداشت شده بود.