اولین بازداشت:

مهدی محمودیان متولد 1357، فعال سیاسی و روزنامه‌نگاری است که نقش مهمی در وقایع بازداشتگاه کهریزک، نام و شمار کشته شدگان و عنوان اسامی آن‌ها داشت. او بار‌ها، پیش از دستگیری درباره بازداشت غیر قانونی شهروندانی که تحت شکنجه در این بازداشتگاه جان داده بودند، تاکید کرد.

به دنبال اظهارنظرات و نوشته‌هایش درباره کهریزک او بیست و پنجم شهریورماه سال۱۳۸۸ در خانه‌اش بازداشت شد و قریب به ۹۰ روز را در شرایط دشوار و تحت آزار و شکنجه در انفرادی بند ۲۰۹ وزارت اطلاعات گذراند.

او پس از بازداشت، تا مدت‌های مدیدی از عفونت حاد هر دو ریه‌اش رنج می‌برد چون او را در فصل زمستان بدون لباس و بالاپوش در هواخوری انفرادی ساعت‌های متمادی سر پا نگه داشته بودند تا علیه عمادالدین باقی اعتراف کند و به علت همین فشار‌ها بخش‌هایی از ریه خود را از دست داد. پس از آن نیز به علت ضربه‌هایی که به سرش وارد شده بود به سردردهای ممتد و عصبی و صرع مبتلا شد.

خانم «فاطمه الوندی»، مادر مهدی در مورد چگونگی ابتلای او به صرع  در گفت‌وگویی گفته بود: «زمانی که در اوین زندانی و زیر شکنجه بود، به آنفلانزا مبتلا می‌شود و دکترزندان دو عدد آمپول پنیسیلین یک میلیون دویست برایش تجویزمی کند که هر دو آمپول را همزمان برایش تزریق می‌کنند.‌‌ همان زمان دچار تشنج شده و بیهوش می‌شود. پس از آن وقتی من به ملاقاتش رفتم دوستانش گفتند که خانم محمودیان، مهدی را مانند شیشه نوشابه چندین بار تکان دادیم تا بهوش آمد، چون می‌خواستیم پنیسیلینی که به او تزریق کرده بودند از این طریق حل شود، از‌‌ همان زمان به بعد هم به طور مرتب بیهوش می‌شود، حالا چه آمپولی بوده با چه محتویاتی من نمی‌دانم؟»  

مهدی محمودیان در ادامه، به خاطر اعتراض به اعدام پنج فعال سیاسی کرد در زندان اوین به زندان کچویی و پس از آن از فروردین ماه سال ۱۳۸۹ به زندان رجایی شهر کرج تبعید شد. انتقال او به زندان رجایی شهر باعث شد تا دو سال و نیم از دیدن پدر بیمارش که به علت کهولت سن قادر به رفتن به زندانی رجایی شهر نبود، محروم بماند و مادرش پیر هم ناچار شد هر هفته برای طی این مسیر از وسایل نقلیه عمومی استفاده کند.

پرونده او در دادگاه انقلاب به ریاست قاضی مقیسه رسیدگی شد و در ‌‌نهایت در تاریخ بیست و ششم اردیبهشت سال ۱۳۸۹ در دادگاه بدوی به پنج سال حبس تعزیری محکوم شد.

اما این حکم در دادگاه تجدید نظر به ریاست قاضی زرگر نیز عینا تایید شد. مهدی در طول بازداشتش نامه‌های مختلفی خطاب به مسئولان نظام جمهوری اسلامی نوشت. او همچنین در ایام حبسش در زندان رجایی شهر کرج درباره وضعیت اسفناک این زندان مطالبی نوشت که منجر به اعمال فشارهای بیشتری بر او شد. 

آقای محمودیان همچنین در نامه‌ای سرگشاده‌ای خطاب به آیت الله خامنه‌ای از رواج تجاوز جنسی به زندانیان در زندان رجایی شهر پرده برداشت و گفت: «در حکومت شما زندان‌ها به شهر مردگان می‌مانند که باید به هر طریقی از آن خارج شد.» مادر آقای محمودیان می‌گوید برای دریافت مرخصی استعلاجی به قاضی پرونده‌اش مراجعه کردم و گفتم: «واقعا بچه‌های ما بیگناه هستند شما پدری کن برایشان، پسرم به معالجه نیاز دارد و او در پاسخ گفت نه! فرزند تو مغزش بیمار است بروید و مغزش را معالجه کنید»

محمودیان در دی ماه ۱۳۹۰ به جرم نامه نگاری‌های بی‌وقفه‌ای که از داخل زندان انجام می‌داد توسط بازجویان سپاه از زندان رجایی شهر به بند دو الف سپاه منتقل شد. 

مادر مهدی، خانم فاطمه الوندی که در مورد وضعیت فرزندش و شکنجه‌ها و فشارهای رفته بر او اطلاع رسانی می‌کرد،‌‌ در همان روز انتقال فرزندش به بند دو الف سپاه به جرم اطلاع رسانی شرایط فرزندش برای ساعاتی از سوی ماموران وزارت اطلاعات بازداشت و تهدید شد که با رسانه‌ها در مورد شرایط فرزندش مصاحبه نکند.

مهدی بعد از دو سال و نیم زندان پیوسته، سرانجام در نوروز سال ۱۳۹۱ برای نخستین بار برای درمان بیماری‌های متعددش به مرخصی استعلاجی فرستاده شد. آقای محمودیان سرانجام 12 شهریور ۱۳۹۱ با پایان یافتن دوران زندانش آزاد شد. به نوشته سایت کلمه، او باید ۳۰ مردادماه ۱۳۹۱ آزاد می‌شد اما مسئولان زندان او را 12 روز بیشتر در زندان نگه داشتند.

دومین بازداشت:

مهدی محمودیان در تاریخ ۱۹ آذر ۱۳۹۸ پس از احضار به دادسرای فرهنگ و رسانه بازداشت و روانه زندان اوین شد. او در ان روز برای پاره‌ای از توضیحات به دادسرا فراخوانده شده بود و در آنجا برای او قرار وثیقه ۵۰۰ میلیون تومانی صادر شد اما به دلیل اینکه اطرافیان آقای محمودیان نتوانستند تا پایان وقت اداری آن روز قرار وثیقه را تهیه کنند به زندان اوین منتقل شد. 

مهدی محمودیان یکی از ۷۷ امضاکننده بیانیه پرسروصدای به سران حکومت در اعتراض به رفتار خشونت‌آمیز با شهروندان در اعتراضات آبان ماه است که به دنبال آن امضا این بیانیه به دادسرا احضار شد. 

مهدی محمودیان، یکی از امضاکنندگان این بیانیه چند روز پیش در حساب کاربری توییتر خود نوشته بود: «می‌گویند اعتراض حق مردم است اما در واکنش به یک بیانیه در تریبون‌های رسمی‌شان، از هیچ نوع تهمت وافترایی دریغ نمی‌کنند. ده‌ها تماس تهدیدآمیز می‌گیرند و بیانیه تکذیبیه جعل می‌کنند و در آخر طی یک هفته اخیر، برای نزدیک به ۱۷نفر از امضا کنندگان بیانیه #۷۷نفر پرونده قضایی تشکیل داده‌اند.»

او نهایتا در تاریخ ۹ دی ماه ۱۳۹۸ با قرار کفالت از زندان اوین آزاد شد. محمودیان تا زمان آزادیش در بند ۲۰۹ زندان اوین بازداشت و در این مدت تحت بازجویی بوده است.

سومین بازداشت:

مهدی محمودیان بار دیگر در تاریخ ۱۵ بهمن ۱۳۹۸ از سوی ماموران امنیتی در منزلش بازداشت و روانه زندان اوین شد.
پس از سقوط هواپیمای مسافربری خط هوایی اوکراین و اعلامیه سپاه پاسداران که در آن اذعان کرده بود سقوط این هواپیما به دستور آنها صورت گرفته است، مهدی محمودیان همراه با عده‌ای از فعالان مدنی و سیاسی فراخوان روشن کردن شمع به یاد جان‌باختگان هواپیما را داد. 
آقای محمودیان با انتشار توییتی در حساب کاربری توییتر خود از مردم دعوت به شرکت در این فراخوان کرده بود.
مدتی پس از آخرین دور بازداشت مهدی محمودیان (۱۵ بهمن) بی‌بی‌سی فارسی فایل صوتی از مکالمه بازجوی سازمان اطلاعات سپاه با مهدی محمودیان را منتشر کرد. براساس این فایل صوتی که به دست بی‌بی سی فارسی رسیده بود بازجو در تماس تلفنی تهدیدآمیز محمودیان را تهدید کرده بود که یا فراخوان را از توییتر خود حذف کند و یا با بازداشت مجدد مواجه خواهد شد: «خودم برت می‌دارم می‌برمت اوین و اونجا از خجالتت در میام.» 
مهدی محمودیان اما در این مکالمه تلفنی می‌گفت او کار خلافی نکرده و براساس قانون اساسی، آزادی تجمع مسالمت‌آمیز حق شهروندان است و ماموران نیز باید از جان آنها محافظت کنند.
در ابتدای فایل صوتی بازجو از محمودیان پرسید: «این توییت شما چیه؟» آقای محمودیان در پاسخ می‌گوید: «۱۸۰نفر آدم مرده‌اند و ما قصد داریم بریم در میدان‌های شهر براشون شمع روشن کنیم، همین، هیچ اتفاقی قرار نیست بیافته.»
این روزنامه‌نگار و فعال سیاسی نهایتا در تاریخ ۲۷ بهمن ماه با قرار وثیقه ۵۰۰ میلیون تومانی از زندان اوین آزاد شد.
محمودیان در دادگاه شعبه ۲۶ دادگاه انقلاب به اتهام «اجتماع و تبانی به قصد بر هم زدن امنیت کشور» به ۴ سال حبس تعزیری، ۲ سال محرومیت از عضویت در احزاب، ۲ سال منع خروج از کشور و ۴ ماه خدمات عمومی و به اتهام «فعالیت تبلیغی علیه نظام» به یک سال حبس تعزیری محکوم شد.
او در این‌ باره روز یکم شهریور ۱۳۹۹ در صفحه توییتر خود نوشته بود که «۴ سال از این حکم به خاطر فراخوان روشن کردن شمع به یاد قربانیان انهدام هواپیمای اوکراینی توسط موشک‌های سپاه پاسداران در دی ماه ۱۳۹۸» و «یک سال نیز به خاطر گفتن آدم نکشید به نهادهای امنیتی و نظامی در آبان ماه ۱۳۹۸»، صادر شده است.
روز ۲۸ مهر ۱۳۹۹، «حجت کرمانی»، وکیل مهدی محمودیان، از تایید حکم پنج سال حبس این فعال سیاسی در شعبه ۳۶ دادگاه تجدید نظر استان تهران خبر داد. اتهام «فعالیت تبلیغی علیه نظام» این فعال رسانه ای به دلیل امضای بیانیه موسوم به ۷۷ نفره مطرح شده بود.

تاکنون از ارسال حکم به شعبه اجرای حکم خبری منتشر نشده است.