حیدری در پی شکایت وزارت کار و وزارت علوم در مورد پرداختن به مسائل کارگری و دانشجویان ستاره‌دار به 91 روز حبس و یک میلیون و 500هزار تومان جزای نقدی محکوم شده بود به این حکم اعتراض کرده بود اما حکم دادگاه بدوی تائید شد و این حکم ۲۶ اردیبهشت سال ۱۳۸۹ در دادسرای کارکنان دولت به او ابلاغ شد. 

اتهام حیدری نشر اکاذیب به قصد تشویش اذهان عمومی بود. 

این فعال رسانه‌ای اصلاح‌طلب در همان روز به کلانتری بازار معرفی شد تا روانه زندان شود.

حیدری با پایان دوره محکومیت آزاد شد.

او در سال ۱۳۸۶ به دنبال افزایش فشارها برای پرداختن به مسایل دانشجویان ستاره‌دار  مجبور به استعفا شد. گفته می شود مجموعه خبرگزاری ایلنا به مدیریت مسعود حیدری به اندازه ای تحت فشاربوده است که به هیات مدیره این خبرگزاری اطلاع داده شده که میان ادامه کار خبرگزاری و مدیرعاملی حیدری، هیات مدیره می بایست یکی را انتخاب کند.

یکی از منابع خبری نزدیک به دولت نیز اخیرا خبر از شکایت وزارت علوم به مراجع قضایی از ایلنا به دلیل پوشش گسترده اخبار مربوط به دانشجویان ستاره دار داده که براساس آن این خبرگزاری تهدید به فیلترینگ شده بود.

او در سال‌ ۱۳۹۳ پس از ۷ سال دوباره به سمت مدیرمسوولی خبرگزاری ایلنا منصوب شد.