صادقی بروجنی در روز ۱۸ اردیبهشت ۱۳۹۸ پس از احضار به شعبه 2 دادسرای اوین برای پاره‌ای از توضیحات، بازداشت و پس از گذشت 5 روز، در تاریخ ۲۳ اردیبهشت با تودیع قرار وثیقه ۳۰۰ میلیون تومانی آزاد شده بود.

این روزنامه‌نگار در روز شش مرداد 1398 در شعبه ۲۸ دادگاه انقلاب به ریاست قاضی «محمد مقیسه» به اتهامات «اجتماعی و تبانی علیه امنیت داخلی»، «فعالیت تبلیغی علیه نظام» و «توهین به بنیان گذار جمهوری اسلامی» به ترتیب به پنج سال، یک سال و دو سال حبس تعزیری محکوم شد.

این حکم روز 14 بهمن ماه 1398 به او ابلاغ شد.

با ارائه تجدیدنظر خواهی روز 24 خرداد ماه 1399، «پیام ابوطالبی زنوزی»، وکیل‌مدافع این روزنامه‌نگار خبر تایید 7 سال حکم او را در دادگاه تجدیدنظر اعلام کرد.

براساس حکم صادره که به وکیل آقای بروجنی ابلاغ شد، این روزنامه‌نگار توسط شعبه ۳۶ دادگاه تجدیدنظر استان تهران به ریاست قاضی احمد زرگر از بابت اتهام اجتماع و تبانی علیه امنیت داخلی و خارجی به ۵ سال حبس و از بابت اتهام توهین به بنیانگذار جمهوری اسلامی به ۲ سال حبس محکوم شد که از با استناد به ماده 134 قانون مجازات اسلامی، 5 سال از آن قابلیت اجرا دارد.

همچنین دادگاه از بابت اتهام فعالیت تبلیغی علیه نظام این روزنامه‌نگار را تبرئه کرده بود.

پیام ابوطالبی زنوری، وکیل مدافع بروجنی روز 11تیر1399 در خصوص این پرونده به «انصاف‌نیوز» گفته بود: «اظهار نظر از سوی فردی که متخصص محسوب می‌شود، نمی‌تواند فعالیت تبلیغی یا اجتماع و تبانی باشد، نوشتن مطلب یک روزنامه‌نگار یا اینکه عضو یک کانال تلگرامی باشند، اجتماع و تبانی نیست. این‌ها نه وحدت قصدی دارند؛ نه مشخص است برای کدام جرم امنیتی می‌خواهند تبانی کنند. تبانی یک امر پنهانی است؛ چطور ممکن است کسی آشکارا در فضای مجازی با اسم خود مطلب بنوسید و بعد به اجتماع و تبانی محکوم شود و این با ساده‌ترین منطق زبان فارسی سازگار نیست و مراد قانون‌گذار هم این نبوده است، بلکه کسانی که مخفیانه کاری کنند، مثلا یک اقدام تروریستی کنند و قبل از آن اگر دستگیر شوند؛ آن اجتماع و تبانی محسوب می‌شود.»

این روزنامه‌نگار روز ۲۸مرداد۱۳۹۹ در سفری که به استان آذربایجان غربی داشت، بازداشت شد و پس از تحمل ۲۳ روز حبس، روز ۱۹ شهریور ماه برای تحمل محکومیت ۵ ساله خود به زندان اوین منتقل شد.

آقای صادقی بروجنی از بیماری دیسک کمر رنج می برد و در تاریخ ۱۷ آذر ۱۳۹۹ نیاز بود تا جهت رسیدگی پزشکی به بیمارستان مراجعه کند؛ با این حال مسئولان قضایی از انتقال او به بیمارستان ممانعت کردند.

این روزنامه‌نگار طی این مدت بارها از مسئولان قضایی خواسته بود تا جهت درمان، او را به بیمارستان اعزام کرده یا مرخصی درمانی بدهند اما با هیچکدام موافقت نشد.

در نهایت در تاریخ ۱۳ آبان ۱۴۰۰، پس از ۴۴۶ روز حبس ممتد، آقای صادقی بروجنی به مرخصی شش روزه اعزام شد.