اولین شکایت؛ هزینه‌های افشاگری
از خانم موسوی اولین بار در سال ۱۳۹۱، از سوی اداره منابع طبیعی کل استان گلستان در دولت دوم محمود احمدی‌نژاد شکایت شد. در آن زمان این روزنام‌ نگار، گزارشی در خصوص جنگل‌خواری یک نهاد نظامی در جنگل «ناهارخوران» گرگان، جهت ساخت موزه دفاع مقدس در روزنامه «شرق» منتشر کرد.

خانم موسوی با انتشار یادداشتی با عنوان «هزینه‌های افشاگری» در خرداد ۱۳۹۸ درباره پرونده‌اش نوشت که سه روز است در دادسرا نسبت به این شکایت، توضیحات خود را ارایه کرده است. او نوشته بود به به دلیل مشکلاتس که در آن دوره میان قوه قضاییه و دولت محمود احمدی‌نژاد وجود داشته، برای او حکمی صادر نشده است اما اکنون دوباره به جریان افتاده است.

با این حال او در این یادداشت آورده بود: «آقایی که با یکی از اقوام دور سببی‌مان آشنایی داشت پیغام فرستاد که از طرف یکی از مسوولان سابق در دادستانی گرگان (که آنزمان مسوولیتی نداشت البته و لابد از طرفداران احمدی‌نژاد بود که برکنار شده بود)، حامل پیامی برای من است…وقتی با بیشرمی و بدون ذره‌‌ای خجالت، پیغام را گفت، جلوی بچه‌ها و مادر و همسرم خجالت کشیدم. ته دلم خالی شد و احساس کردم چقدر افشاگری در این کشور هزینه دارد. قبلا درباره پروژه‌های پرونده سازی اخلاقی برای افراد زیاد شنیده بودم؛ اما باورم نمی‌شد که یک روز شامل خودم بشود. گفت حاج آقا فلانی گفته: "اگر دست از ادامه گزارش‌نویسی درباره موزه دفاع مقدس برندارید برایتان پرونده اخلاقی درست می‌کنیم! برای ما مثل آب خوردن است…" این جمله آخر را با تاکید گفت.»

دومین شکایت؛ جنگل‌خواری در مازندران
در بهمن۱۳۹۶، زمانی که موسوی خبرنگار محیط‌زیست در روزنامه «قانون» بود، به دلیل نوشتن گزارشی در خصوص برداشت بیشتر از حد مجاز از جنگل «داراب کلا» مازندران، از سوی شرکت «نکاچوب» با اتهام «نشراکاذیب» به دادسرای شعبه ششم شهرستان ساری فراخوانده شد. او در گزارش حتی نامی از این شرکت نبرده بود.

در پی این شکایت «معصومه ابتکار»، رییس پیشین سازمان حفاظت محیط‌زیست با استفاده از هشتگ «الهه موسوی تنها نیست» در تاریخ ۶ بهمن ۱۳۹۶ در صفحه توییتر خود نوشت: «خانم الهه موسوی از شجاع‌ترین و حرفه‌ای‌ترین خبرنگاران محیط‌زیست بوده، حتما برای دفاع از ایشان هرچه در توان دارم، انجام می‌دهم.»

«آفتاب آنلاین» روز هفتم بهمن ۱۳۹۶، در خصوص گزارش منشتر شده در روزنامه قانون، نوشته بود: «در گزارش موسوی آمده است که درجریان طوفان سال ۹۴ و همچنین ریزش برف در سال ۹۵ مازندران، درخت‌های جنگلی بسیاری شکستند و بر کف جنگل افتادند اما این شرکت خارج از سهمیه برداشت قانونی از این درختان برداشت کرده است.»

به گفته نویسنده این گزارش، برداشت از درختان شکسته و افتاده هم نیاز به مجوز دارد اما این شرکت پس از لورفتن عمل غیرقانونی‌اش به صورت تقلبی روی درخت‌های برداشت‌شده علامت‌گذاری کرده و روی آن‌ها کد زده است تا این کار را قانونی جلوه دهد. از سوی دیگر، درحالی ‌که جنگل‌بانان منطقه در این‌باره به اداره منابع طبیعی گزارش داده بودند، اداره ترتیب اثری به این موضوع نداده بود.

شکایت سوم و چهارم؛ آلودگی «رادیوم و باریوم» یک کارخانه در گلستان
به دلیل گزارش‌های منتشر شده در خصوص وجود «تششعات رادیواکتیو» در برخی مناطق استان گلستان، شهریور ۱۳۹۷ پرونده‌‌ای با شکایت «امیر عبدوس»، مدیرکل محیط‌زیست وقت استان گلستان، در مراجع قضایی این استان برای خانم موسوی تشکیل شد.

سرانجام خانم موسوی با توجه با مستندات و دفاعیات از اتهام «نشر اکاذیب» تبرئه شد.

با این حال با ادامه روند انتقاد به آلودگی زیست محیطی در استان گلستان، مجدداً از سوی ادار کل منابع طبیعی استان گلستان، از او شکایت شد.

براساس ابلاغیه که روز ۷ دی ۱۳۹۹ از طریق الکترونیکی به دست خانم موسوی رسید، او باید ظرف ۵ روز آینده باید به شعبه ۱۶ بازپرسی دادسرای عمومی و انقلاب ناحیه ۵ تهران مراجعه می کرد.

شاکی این روزنامه‌نگار، اداره کل منابع طبیعی استان گلستان بود که گفته می‌شود این شکایت در واقع از سوی مدیرعامل کارخانه «کانسارخزر»، به دلیل انتشار مطالبی در خصوص آلودگی «رادیوم و باریوم»، از الهه موسوی صورت گرفته است.

«فدراسیون بین المللی روزنامه نگاران» با تایید خبر شکایت از اداره منابع طبیعی استان گلستان از خانم موسوی، اتهامات مطروحه علیه خانماین خبرنگار را «نشراکاذیب»، «افترا» و «توهین به اشخاص عادی» در فضای مجازی گزارش کرده بود.

این روزنامه‌نگار تاکنون چندین بار در خصوص آلودگی حاصل از کارخانه مذکور در منطقه آق قلا در استان گلستان مطالبی را منتشر کرده بود.

سازمان جنگل‌ها، مراتع و آبخیزداری کشور روز هشتم دی ۱۳۹۹ با انتشار بیانیه‌‌ای خطاب به رسانه‌ها، تشکل‌ها و کنش‌گران حوزه منابع طبیعی، انصراف خود را از شکایت انجام شده از الهه موسوی اعلام کرد.