خانم الهه محمدی پس از آن بازداشت شد که برای انعکاس مراسم خاکسپاری مهسا امینی از سقز گزارشی برای روزنامه هم‌میهن نوشت. او پس از احضار تلفنی به دادسرا بازداشت و روانه زندان شد.

خانم محمدی در گزارش خود از مراسم خاکسپاری مهسا امینی که با عنوان «یک وطن اندوه» به شرح آنچه در روز دفن این دختر که در بازداشت ماموران گشت ارشاد جان باخته بود پرداخت.  او پیش از آن در ۲۹ شهریور ۱۴۰۱ نیز در گزارش دیگری با نام «اضطراب ارشاد» شرح دیگری از وضعیت برخورد ماموران گشت ارشاد نوشته بود. پس از حدود یکماه از بازداشت او نیلوفر حامدی وقتی بیانیه مشترک سازمان اطلاعات سپاه و وزارت اطلاعات درباره اعتراضات مردمی به مرگ مهسا امینی منتشر شد نام آنها با حروف اختصاری در آن بیانیه آمده بود.

خانم محمدی پس از بیش از یکسال حبس با قرار «بازداشت موقت» و در پی تجدیدنظرخواهی از حکم صادره با سپردن قرار وثیقه از زندان آزاد شد. شعبه ۱۵ دادگاه انقلاب تهران سی‌ام مهرماه ۱۴۰۲، یعنی نزدیک به یکسال پس از بازداشت، الهه محمدی و نیلوفر حامدی را در مجموع به ترتیب به ۱۲ و ۱۳ سال زندان محکوم کرده بود. در صورت تایید، شش و هفت سال از حکم آنها اجرایی بود.

نخستین جلسه محاکمه الهه محمدی پس از ۹ ماه حبس، ۸ خرداد ۱۴۰۲ به‌طور غیرعلنی اما با حضور وکلای انتخابی او در شعبه ۱۵ دادگاه انقلاب به ریاست ابوالقاسم صلواتی برگزار شد. وکیل انتخابی او برای نخستین بار یکشنبه ۷ خرداد موفق به ملاقات حضوری با او شد. اتهام او و «الهه محمدی»،  «اتهام همکاری با دولت متخاصم آمریکا، اجتماع و تبانی برای ارتکاب جرم بر ضد امنیت کشور و فعالیت تبلیغی علیه نظام جمهوری اسلامی» عنوان شده است.

در حکم دادگاه بدوی، این دو به عنوان «مجازات تکمیلی»، دو سال هم از «عضویت در احزاب، گروه‌ها، دسته‌جات سیاسی و فعالیت در فضای مجازی، رسانه‌ها و مطبوعات» محروم شدند.

در مرداد ۱۴۰۱ یکی از گزارش‌های منتشر شده محمدی در روزنامهٔ شرق با عنوان «قتل با اسم رمز ناموس» از سوی انجمن صنفی روزنامه نگاران استان تهران به عنوان یکی از گزارش‌های برتر سال معرفی شد.