«مهرداد ستوده»، معاون عمرانی استاندار بوشهر و استانداری بوشهر به دلیل انتشار یادداشت‌های آقای دهباشی‌نژاد درباره «واگذاری بندر حماد» و دیگر مطالب انتقادی‌اش در سال ۱۳۹۹ از او شکایت کرد.

این شکایت با اتهام «نشر اکاذیب به قصد تشویش اذهان عمومی» و «توهین به مقامات و ماموران دولت»، مهر ۱۳۹۹، در شعبه ۱۰۱ دادگاه کیفری ۲ بوشهر و به ریاست قاضی «بازدرهوا» بررسی شد و دادگاه آقای دهباشی نژاد را از بابت اتهام نشراکاذیب به ۲۱ ماه حبس و از بابت اتهام توهین به مقامات و ماموران دولت به تحمل ۳۰ ضربه شلاق محکوم کرد.

این حکم در تاریخ ۱۲ اسفند۱۳۹۹ در شعبه سوم دادگاه تجدیدنظر استان بوشهر «بدون برگزاری جلسه بررسی» عینا تایید شد و آقای دهباشی‌نژاد در تاریخ ۲۷ اسفند بازداشت شد. 

در پی افزایش واکنش‌ها به بازداشت این خبرنگار، روابط عمومی استانداری بوشهر طی بیانیه‌ای ضمن رد خبرنگار بودن آقای دهباشی‌نژاد اعلام کرد که این بازداشت به دلیل اتهام «توهین و افترا به مسئولان استان بوشهر» صورت گرفته است.

همچنین در تاریخ ۸فروردین۱۴۰۰، شماری از روزنامه‌نگاران و فعالان رسانه‌ای، سیاسی و مدنی بوشهر طی نامه‌ای به رئیس جمهوری ایران، خواستار آزادی آقای دهباشی نژاد شدند. در بخشی از این نامه خطاب به حسن روحانی نوشته شده بود: «طبق "ادعاهای" مکرر حضرتعالی، وزرای محترم و سخنگوی محترم هیات دولت، مدیران دولتی از "شکایت" کردن از شهروندان، فعالان اجتماعی و روزنامه نگاران منع شده اند اما مدیران ارشد استان بوشهر با اتخاذ رویه ای خلاف منش دولت تدبیر و امید نه تنها شاکی فعالان فضای مجازی و فعالان رسانه می شوند که با خودرو دولتی نیز در روند بازداشت و اعزام آنها به زندان مشارکت فعال دارند.»

در تاریخ ۵اردیبهشت۱۴۰۰، با رضایت معاون عمرانی استاندار بوشهر، آقای دهباشی‌نژاد از زندان آزاد شد و این پرونده‌ مختومه اعلام شد.