روز ۶ تیر۱۳۹۶ خبر بازداشت آقای اکبری از سوی سایت عصرایران منتشر شد. رسانه‌ها آورده بودند، این بازداشت ساعاتی پس از بازداشت «حامد طالبی»، یکی دیگر از معاونان ودبیران خبرگزاری فارس صورت گرفته است.

«یاسر جبرائیلی»، معاون پژوهشی خبرگزاری فارس برای اولین بار خبر بازداشت آقای طالبی، همکار اکبری را منتشر کرد. جبرائیلی مدعی شده بود، علت بازداشت طالبی مرتبط با سردادن شعارهای توهین‌آمیز علیه حسن روحانی، رییس جمهوری در «روز قدس» بوده است. ظاهرا بازداشت علی اکبری نیز دلیلی شبیه به حامد طالبی را داشته است. 

در پی انتشار خبر بازداشت علی اکبری و حامد طالبی، «عبدالله رمضان زاده»، سخن‌گوی دولت محمد خاتمی با انتشار یک توییت نسبت به بازداشت مخالفان دولت انتقاد کرد: «بازداشت کسی که احتمال فرارش نمی‌رود، بدون احضار قبلی به دادسرا و صدور قرار مناسب توسط بازپرس، منطقی نیست».

با وجود انتشار گسترده خبر بازداشت این دو روزنامه‌نگار، روز ۸ تیر۱۳۹۶، «محسنی اژه‌‌ای»، سخن‌گوی قوه قضاییه ایران موضوع بازداشت این دو عضو خبرگزاری فارسی متعلق به سپاه پاسداران جمهوری اسلامی را تکذیب کرد: «هیچ خبرنگاری و هیچ یک از نام‌های مطرح شده طی روزهای اخیر بازداشت نشده‌اند و خبر بازداشت آن‌ها تکذیب می‌شود.»

مشخص نیست علی اکبری پس از چند ساعت یا روز از بازداشت موقت آزاد شده است.