پرونده اول

روز 23، 25 و 27 آذرماه 1395 ده‌ها تن از اعضای عرفان حلقه با امضای نامه‌ای ضمن تاکید بر بی‌گناهی محمدعلی طاهری، خود را به زندان اوین معرفی کردند.

روز 13 بهمن‌ماه 1395، خبرگزاری «عرفان» گزارش کرده بود که آقای میرخلیلی به همراه ۳۳ نفر از شاگردان محمدعلی طاهری به دادسرای قدس منتقل شدند.

در فیلم‌هایی که این تارنگار منتشر کرد این زندانیان با دستبند و پابند به دادسرا منتقل شدند و از سپردن کفالت یا وثیقه جهت آزادی موقت خودداری کردند چرا که معتقد بودند هیچ اتهامی بر آن ها وارد نیست.
بر پایه گزارش سایت عرفان، در این روز زندانیان مرد از زندان فشافویه و زندانیان زن از زندان قرچک ورامین به دادسرا اعزام شدند.

یک روز بعد آقای میرخلیلی و سایر اعضای عرفان حلقه از زندان آزاد شدند. آن‌ها معتقد بودند آزادی‌شان بدون رضایت آن‌ها و به اجبار صورت گرفته است.

در نهایت در این پرونده آقای میرخلیلی به اتهام «اخلال در نظم عمومی» در شعبه ۱۱۷۷ دادگاه کیفری دو تهران به ریاست قاضی مرتضی اکبری لالیمی به یک سال حبس و ۷۴ ضربه شلاق که برای دو سال به تعلیق درآمد محکوم شد.

پرونده دوم

روز 30 اردیبهشت ماه 1396 آقای خلیلی به همراه 18 تن دیگر از شاگردان محمدعلی طاهری در شعبه 1058 دادگاه کارکنان دولت(دادگاه کیفری 2 تهران) به ریاست قاضی دانش‌ور به شش ماه حبس و 10 ضربه شلاق محکوم شدند.

این حکم به اتهام «اخلال در نظم و آسایش و آرامش از طریق تجمع غیر قانونی» صادر شد و مربوط به تجمعات اعضا و هواداران محمدعلی طاهری، برای آزادی او در مقابل ساختمان مجلس، زندان اوین و دادسرای شهید مقدس، قوه قضائیه و موارد دیگر بود. در متن دادنامه به دعوت به تجمع از طریق فضای مجازی و بدون مجوز قانونی، بی توجهی به اخطار پلیس مبنی بر ترک محل و استفاده از بنر و شعارنویسی اشاره شده بود.

احکام آقای میرخلیلی و 12 نفر دیگر از متهمین این پرونده به مدت 3 سال به تعلیق در آمده بود.

پرونده سوم

شهریور ماه سال 1396 محمدعلی طاهری به اعدام محکوم شد. 

همزمان نیروهای سازمان اطلاعات سپاه در شهرهای مختلف ایران اعضای عرفان حلقه را دستگیر کردند و این روند تا چندین ماه ادامه داشت.

روز 21 شهریور ماه 1396 خبرگزاری تسنیم گزارش کرد که آقای میرخلیلی که از او به عنوان «یکی از فعالان رسانه‌ای فرقه عرفان حلقه و از افراد موثر در راه‌اندازی و مدیریت کمپین الف مثل استاد» یاد کرد، بازداشت شد. این بازداشت توسط قرارگاه ثارالله سپاه پاسداران در منزل شخصی آقای میرخلیلی صورت گرفته بود. ماموران در زمان بازداشت برخی از وسایل و مدارک شخصی ازجمله مدارک تحصیلی، دستنوشته های او را ضبط کرده بودند.

در تاریخ 1 آذر ماه 1396 آقای میرخلیلی با قرار کفالت 100 میلیون تومانی از زندان اوین آزاد شد.

حدود دو سال بعد در تاریخ 10 مهر ماه 1398 قاضی مقیسه، رئیس شعبه 28 دادگاه انقلاب تهران قرار کفالت 100 میلیون تومانی آقای میرخلیلی را به 20 برابر افزایش داد. بدین شکل این عضو عرفان حلقه به دلیل عدم توانایی از تهیه وثیقه 2 میلیارد تومانی بازداشت و راهی زندان اوین شد.

جلسه دادگاه بدوی آقای میرخلیلی در تاریخ 27 بهمن ماه 1398 در دادگاه انقلاب اسلامی تهران برگزار شد.

براساس حکمی که در تاریخ ۵ اسفندماه ۱۳۹۸ توسط شعبه ۲۸ دادگاه انقلاب تهران به ریاست قاضی محمد مقیسه صادر شد، این عضو عرفان حلقه به اتهام «اقدام علیه امنیت از طریق اداره گروه و جمعیت با هدف بر هم زدن امنیت کشور با سازماندهی و فراخوانی تجمعات غیرقانونی در حمایت از محمدعلی طاهری» به ۱۰ سال حبس و بابت اتهام «فعالیت تبلیغی علیه نظام» به ۱ سال حبس و همچنین از بابت اتهام «تشویش اذهان عمومی از طریق نشر اکاذیب در فضای مجازی» به ۲ سال حبس و ۷۴ ضربه شلاق و در مجموع به تحمل ۱۳ سال حبس تعزیری و ۷۴ ضربه شلاق با احتساب ایام بازداشت محکوم شده بود.

از 13 سال حبس صادره برای آقای میرخلیلی، 10 سال از آن با استناد به ماده 134 قانون مجازات اسلامی قابلیت اجرا داشت.

آقای میرخلیلی از تاریخ 10 مهر ماه 1398 در زندان اوین به سر می‌برد و تاکنون دادگاه تجدید نظر او برگزار نشده است.