روز یکم دی سال 1398 آرش گنجی از سوی مامورانی که خود را «پلیس امنیت» معرفی کرده‌ بودند، بازداشت شد.

«بکتاش آبتین»، یکی از اعضای هیات مدیره کانون نویسندگان در صفحه اینستاگرام خود نوشت، چند مامور به خانه آرش گنجی وارد شده و پس از تفتیش خانه و ضبط برخی از لوازم شخصی ایشان، او را با خود برده‌اند.

خواهر آقای گنجی روز 5 دی ماه درباره این بازداشت به «خبرنگاری جرم نیست» گفته بود که او در بند ۲۰۹ زندان اوین، تحت کنترل وزارت اطلاعات بوده و پس از بازداشتش فقط یک‌بار با منزل تماس گرفت.

«پویش گنجی» خواهر آرش که ساکن آمریکا است، درباره این تماس تلفنی گفته بود: «آرش یک روز پس از بازداشتش به خانه تماس گرفته و با مادرم کوتاه حرف زده، از مادرم پرسیده ساعت چند است؟ و اینکه داروهایش را به او تحویل داده‌اند. او ظاهرا در جای نگهداری می‌شود که قادر به تشخیص زمان نیست؛ اما پس‌ از آن دیگر هیچ تماسی نداشته است.»

خواهر آرش گنجی درباره نحوه بازداشت برادرش گفته بود: «صبح اول دی‌ماه زنگ در آرش خورده می‌شود، اما در آن زمان آرش زیردوش بوده، داشته آماده می‌شده که برود سرکار. بعد ماموران زنگ در خانه مادر و پدرم را می‌زنند. در آپارتمانی، آرش در طبقه اول زندگی می‌کند و مادر و پدرم درطبقه سوم همان آپارتمان. پدرم آیفون را جواب می‌دهد، مردی به او می‌گوید برود پایین تا بسته‌ پستی که برای آرش رسیده را تحویل بگیرد؛ یعنی مامور وزارتاطلاعات خودش را پستچی معرفی کرده است.»

خانم گنجی در ادامه گفت: «پدرم پایین می‌رود تا بسته را بگیرد اما این مامور می‌گوید حتما باید بسته را تحویل خود آرش بدهد. او به دنبال پدرم تا پشت در خانهآرش می‌روند و زمانی که آرش در را باز می‌کند، پدرم می‌گوید یکهو چهار مرد مسلح دیگر وارد ساختمان شدند. جمعا پنج ماموری که هرکدام اسلحه به دستشانبوده وارد می‌شوند، یکی از آن‌ها برگه تفتیش خانه را نشان می‌دهد و بعد مشغول تفتیش خانه و ضبط وسایل شخصی آرش مانند لپ‌تاپ، کتاب‌ها ودست‌نوشته‌هایش مشغول می‌شوند. پس‌ازاینکه کارشان تمام می‌شود، برگه جلب آرش را نشان می‌دهند و او را همراه خودشان می‌برند.»

خواهر آرش گنجی در پاسخ به این سوال که آیا او پیش از بازداشت مورد تهدید قرار گرفته، گفت: «بله، این‌طور که من شنیدم پیش از بازداشتش طی تماس تلفنی به او گفته بودند: «"قراره بیایم سراغت"؛ اما چیز بیشتری نمی‌دانم.»

سایت کانون نویسندگان نیز در بیانیه‌ای با رسانه‌ای کردن بازداشت آقای گنجی درباره او نوشته بود: «آرش گنجی بیمار قلبی است و بازداشت و فشار ناشی از بازجویی‌هایی که در پایمال کردن حقوق انسانی و قانونی متهمان شهره‌ی عالم است، جان او را در معرض خطر قرار می‌دهد. مسئولیت هر گونه آسیب بر عهده نهاد بازداشت کننده و حاکمیتی است که نشان داده است در برابر حق آزادی بیان مردم جز ضرب و جرح، زندان و کشتن پاسخی ندارد.»

آرش گنجی پس از ۲۹ روز بازداشت در تاریخ ۲۹ دی ماه با قرار وثیقه ۴۵۰ میلیون تومانی آزاد شد.

برگزاری دادگاه؛ افزایش هفت برابری وثیقه

دادگاه آقای گنجی به اتهامات «اجتماع و تبانی به قصد اقدام علیه امنیت ملی کشور» و «فعالیت تبلیغی علیه نظام» در روز 25 خرداد 1399 در شعبه 28 دادگاه انقلاب اسلامی تهران برگزار شد.

در جریان جلسه دادگاه در اقدامی عجیب قاضی محمد مقیسه، رئیس شعبه 28 دادگاه انقلاب اقدام به افزایش میزان وثیقه آقای گنجی به 3 میلیارد تومان کرد و درنتیجه این مترجم مجددا بازداشت و راهی زندان اوین شد اما با گذشت شش روز با همان قرار وثیقه قبلی در روز اول تیرماه تا زمان ابلاغ رای نهایی دادگاه آزاد شد. 

سرانجام روز ۹آذر۱۳۹۹، جلسه رسیدگی به اتهامات آقای گنجی با حضور «ناصر زرافشان»، وکیل مدافع او برگزار شد.

صدور رای دادگاه؛ یازده سال حبس برای ترجمه یک کتاب
کانون نویسندگان ایران در تاریخ ۱۰دی۱۳۹۹ خبر داد که براساس حکم صادره از سوی شعبه ۲۸ دادگاه انقلاب اسلامی به ریاست «قاضی عموزاد» آقای گنجی از بابت به اتهام «اجتماع و تبانی به قصد اقدام علیه امنیت ملی» به ۵ سال، به اتهام «تبلیغ علیه نظام» به یک سال و به اتهام «عضویت و همکاری با گروهک مخالف نظام» به تحمل ۵ سال حبس تعزیری محکوم شد. به استناد به ماده 134 قانون مجازات اسلامی، 5 سال از این حکم قابلیت اجرا دارد.

گفته شده که مستندات دادگاه برای صدور چنین حکمی تنها به دلیل ترجمه کتاب «کلید کوچک دروازه‌ای بزرگ» توسط آقای گنجی که به تحولات کردستان سوریه پرداخته است، صادر شده است.

در پی صدور این حکم انجمن «قلم» آمریکا  که در راستای حمایت از نویسندگان زندانی و تحت تعقیب، در سراسر دنیا فعالیت می‌کند، روز 12دی1399 با انتشار بیانیه‌ای، ضمن اعتراض به صدور این حکم برای یک نویسنده، صدور چنین حکم سنگینی به جرم ترجمه یک کتاب را «کاملا بی‌معنی» و «نقض واضح حق بنیادین انسان‌ها برای آزادی بیان» دانست.

در بخشی از بیانیه انجمن قلم آمریکا آمده است: «مجازات بی‌رحمانه نویسندگان و فعالان سیاسی و مدنی به دلیل بیان مسالمت‌آمیز دیدگاه‌های خود، و یکسان شمردن "نظرات انتقادی" با "جرائم امنیتی"، راهکاری است که دائما شتاب آن در ایران افزایش می‌یابد.»

تایید رای بدوی در دادگاه تجدیدنظر
«کانون نویسندگان ایران» روز ۹ اسفند ۱۳۹۹ خبر داد که حکم ۱۱ سال زندان این نویسنده در شعبه ۲۸ دادگاه تجدیدنظر انقلاب عینا تایید شده است. 

کانون نویسندگان ایران روز ۲۵ مهر ۱۴۰۰ خبر داد که آرش گنجی برای تحمل ۵ سال حبس به عنوان مجازات اشد، به زندان اوین احضار شد و باید خود را دوران حبس خود را آغاز کند.