او مطلبی را در روزنامه اصلاح‌طلب «کارگزاران» با تیتر «هر دوروز یک انتصاب در سازمان میراث فرهنگی» منتشر کرده بود که در نهایت همین مطلب و انتقادهای بعدی‌ این خبرنگار در صفحه فیسبوکش نسبت به عملکرد دولت احمدی نژاد، منجر به بازداشتش شد.

او ۱۰ روز را در انفرادی بند دوالف زندان اوین که تحت نظارات سازمان اطلاعات سپاه پاسداران است، محبوس بود و شکنجه شد.

 او در گفتگویی اعلام کرده است که ساعت‌ها به دستشویی داخل سلولش بسته شده بود و همین اتفاق باعث شد تا دچار شکستگی کتف شود و هنوز هم از آن درد رنج می برد.

این روزنامه‌نگار  در نهایت با قید وثیقه 100 میلیون تومانی آزاد شد. پس از آن پرونده او به اتهام «نشر اکاذیب» در شعبه ۱۵ دادگاه انقلاب به ریاست قاضی صلواتی رسیدگی شد و به تحمل ۵ سال حبس تعلیقی محکوم گردید.

دادگاه تجدیدنظر استان تهران این حکم را به یک سال حبس تعلیقی کاهش داد.

این خبرنگار در سال‌های بعد به دلیل دو شکایت دیگر در دادگاه‌های مختلف حاضر و بازجویی شد. 

در سال‌ 1391 او به دلیل انتشار گزارشی تحقیقی درباره فساد مالی در سازمان انتقال خون با شکایت سازمان انتقال خون کشور مواجه شد و چندین‌بار توسط نهادهای امنیتی بازجویی شد و به دادگاه رفت. این پرونده همچنان مفتوح است.

در سال 1398 نیز این خبرنگار به دلیل انتشار گزارشی در وبلاگ شخصی‌اش درباره فساد مالی حلقه‌ای از حکومتی‌ها مانند عباس ایروانی، علی جنتی و کریمی قدوسی، با شکایت این افراد مواجه شد و چندین بار در شعبه 2 دادسرای فرهنگ و رسانه حاضر شد، که آن پرونده نیز همانند پرونده قبلی همچنان مفتوح است. 

امیرهادی انواری هم اکنون به عنوان مدیرمسئول وبسایت اجتماعی "شمارسانه" مشغول به کار است. او سابقه همکاری با روزنامه و مجلاتی مانند دنیای اقتصاد، هم میهن، شهروند امروز، ایراندخت، کارگزاران، چلچراغ، همشهری ماه، اعتماد ملی، کلمه سبز، اعتماد، جهان صنعت، دنیای اقتصاد و سایت های بازتاب. آینده نیوز و عصر ایران را در کارنامه کاری خود دارد.